Выставлять нужно.
Арендодатель обязан выставлять арендатору счет-фактуру на сумму арендной платы (п. 3 ст. 168 Налогового кодекса РФ). Сделать это нужно в течение установленного срока. При этом если договор аренды заключен на длительный срок, то выставлять счета-фактуры нужно с особой периодичностью.