Восстанавливать ли вычет по затратам на уплату НДС при ввозе товаров на территорию России, которые возмещены налогоплательщику из федерального бюджета?

Восстанавливать нужно.

В ряде случаев федеральное законодательство предусматривает возмещение организации (индивидуальному предпринимателю) затрат, связанных с уплатой НДС при ввозе товаров на территорию России и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, путем предоставления субсидий. Поэтому ранее принятый к вычету входной НДС по товарам (работам, услугам), затраты на приобретение которых (с учетом НДС) возмещены из федерального бюджета в виде субсидий, нужно восстановить.

При этом величину восстановленного НДС можно учесть в составе прочих расходов, связанных с производством и (или) реализацией, при расчете налога на прибыль (пп. 49 п. 1 ст. 264 Налогового кодекса РФ). Включать их в стоимость указанных товаров (работ, услуг) не нужно.
Восстанавливать налог нужно в том налоговом периоде (квартале), в котором получены суммы субсидий.
Подтверждение: пп. 6 п. 3 ст. 170 Налогового кодекса РФ.

Если затраты возмещены за счет субсидий не в полном объеме, то восстановить вычет нужно именно в части предоставленных субсидий (письма Минфина России № 03-07-11/46917 от 11 августа 2016 г., № 03-07-11/15 от 19 января 2012 г.).

Следует учитывать, что восстанавливать НДС, ранее принятый к вычету, нужно только в случае, когда субсидии получены из федерального бюджета. Что касается субсидий, выделенных из иных бюджетов, то в отношении них норма о восстановлении налога не применяется (письмо Минфина России № 03-07-11/21297 от 14 апреля 2016 г.).

Подтверждение: письмо ФНС России № СД-4-3/6551 от 14 апреля 2016 г.