Вопрос:
      1. Организация-перевозчик для выполнения перевозки грунта (расчистки поверхностного слоя) нанимает по гражданско-правовому договору водителей на вахту.      есть ли необходимость каким-либо образом оформлять их перемещение ( например, для штатных сотрудников оформлять пакет командировочных документов).      доставка, питание,проживание за счет организации. т.е. хватит ли оформить акт выполненных работ и заключить договор с водителем.      
      2. Вправе ли организация продолжать применять ЕНВД по территории (магазин), если занимаясь розничной продажей алкогольной продукции начнет продавать      продукцию на разлив?      
      3. Компания "А"-заказчик, компания "Б" - перевозчик. перевозчик по заданию перевозит грунт (грунт не является чье-либо собственностью), по договору      заказчик полностью обеспечивает перевозчика гсм (т.е. гсм не является затратами перевозчика). каждый день ведутся путевые листы на имя рабочих, с которыми      перевозчик заключил гражданско-правовой договор. нужен ли для перевозчика путевой лист , если стоимость работ рабочих определена договором гражданского      характера, гсм-не берем в расходы?  
Ответ:
Относительно вопроса 1
Обязанность по оформлению командировочных документов в данном случае на организацию законодательством не возложена.
Работодатель может направлять в командировку только штатных работников (в т. ч. работников, которые трудятся по совместительству), то есть работников, принятых на работу и работающих на основании трудового договора и в рамках трудового законодательства.
Вывод: нельзя направлять в командировку граждан, которые трудятся только на основании гражданско-правовых договоров.
Подтверждение: ст. 166 , ч. 2 ст. 287 , ч. 8 ст. 11 Трудового кодекса РФ, п. 2 Положения , утв. Постановлением Правительства РФ № 749 от 13 октября 2008 г., письмо Минфина России № 03-03-04/1/844 от 19 декабря 2006 г.
Соответственно обязанность по оформлению командировочных документов в данном случае на организацию законодательством не возложена.
В то же время служебные поездки гражданина в рамках гражданско-правового договора, порядок возмещения его расходов в таких поездках могут быть предусмотрены непосредственно условиями данного гражданско-правового договора (например, договора подряда или договора возмездного оказания услуг). Кроме того, предполагаемая сумма расходов на служебные поездки может учитываться при определении суммы вознаграждения по договору.
Подтверждение: ст. 421 , 783 , п. 2 ст. 709 Гражданского кодекса РФ.
Для оказания разовых работ (услуг) организация (индивидуальный предприниматель) вправе привлекать граждан, заключив с ними гражданско-правовой договор (подряда, об оказании услуг).
Цена по договору подряда (об оказании услуг) включает в себя компенсацию издержек подрядчика (исполнителя) и причитающееся ему вознаграждение ( п. 2 ст. 709 , ст. 783 Гражданского кодекса РФ).
      Например, при заключении гражданско-правового договора, который предполагает переезд исполнителя в другую местность для выполнения обязательств по      договору, стороны могут предусмотреть возмещение следующих расходов:      
      – стоимости проезда;      
      – стоимости найма жилья;      
      – дополнительных расходов, связанных с проживанием в другой местности (расходы на питание).  
Порядок выплаты компенсации необходимо отразить в договоре. Она может включаться в общую сумму вознаграждения по договору или выплачиваться отдельно. В последнем случае сумма расходов возмещается исполнителю на основании документов, подтверждающих понесенные исполнителем издержки в ходе выполнения работ. От этого зависит, в частности, порядок удержания НДФЛ и начисления страховых взносов с суммы компенсации.
Если в договоре не будет условия о компенсации дополнительных расходов или будет указано, что стоимость таких расходов уже заложена в цену договора, то возмещать их сверх цены договора не нужно.
Вывод: организация не вправе направлять в командировку исполнителя по ГПД. Но вправе компенсировать расходы, предусмотренные договором. Обязанность по оформлению командировочных документов в данном случае на организацию законодательством не возложена. Вместе с тем расходы возмещаются на основании документов, подтверждающих издержки.
      Обоснование данного вывода содержится в Сервисе, которое Вы можете найти по запросу "командировка физическое лицо":      
      https://www.moedelo.org/Pro/View/Questions/111-5593  
https://www.moedelo.org/Pro/View/Questions/111-5594
https://www.moedelo.org/Pro/View/Questions/111-5145
Относительно вопроса 2
Ответ подготовлен исходя из допущения, что алкогольная продукция является покупной, а не собственного производства.
Вправе продолжать применять ЕНВД при соблюдении прочих условий.
  ЕНВД в отношении розничной торговли можно применять (за рядом исключений), когда одновременно соблюдены    определённые условия:      
      – в муниципальном образовании (городах федерального значения Москве, Санкт-Петербурге или Севастополе), на территории которого осуществляется розничная      торговля (находится организация (проживает индивидуальный предприниматель) – для развозной и разносной торговли), введен спецрежим в виде ЕНВД по этому      виду деятельности;      
      – в соответствующем муниципальном образовании (городах федерального значения Москве, Санкт-Петербурге или Севастополе) в отношении розничной торговли не      установлен торговый сбор (гл. 33 Налогового кодекса РФ);      
  – продавец-организация (индивидуальный предприниматель) соответствует    критериям плательщика ЕНВД (численность, статус налогоплательщика и т.д.);      
      – между таким продавцом и покупателем заключен договор розничной купли-продажи товаров,      предназначенных для личного, семейного, домашнего или иного использования, не связанного  с предпринимательской деятельностью (    ст. 492 Гражданского кодекса РФ);      
      – розничная торговля происходит через объекты стационарной торговой сети без торгового зала или с площадью торгового зала не более 150 кв.м по каждому      объекту организации торговли, а также через объекты нестационарной торговой сети.      
  Подтверждение: пп. 6,7 п. 2,п. 2.1 ст. 346.26,абз. 12 ст. 346.27,    абз. 1-3 п. 2 ст. 346.28 Налогового кодекса РФ.  
      Нельзя применять спецрежим в виде ЕНВД при розничной торговле следующими видами товаров:      
  – подакцизными товарами, перечисленными в    пп. 6-10 п. 1 ст. 181 Налогового кодекса РФ: легковыми      автомобилями, мотоциклами с мощностью двигателя свыше 112,5 кВт (150 л. с.), автомобильным бензином, дизельным топливом, моторными маслами, прямогонным      бензином;      
      –                продуктами питания и напитками, в том числе алкогольными (как в упаковке и расфасовке изготовителя, так и без нее), в объектах организации          общественного питания            ;      
      – невостребованными вещами в ломбардах;      
      – газом;      
      – грузовыми и специальными автомобилями, прицепами, полуприцепами, прицепами-роспусками;      
      – автобусами любых типов;      
      – лекарствами по льготным (бесплатным) рецептам;      
      – продукцией собственного производства (изготовления).      
      Подтверждение: абз. 12 ст. 346.27 Налогового кодекса РФ.  
При этом в отношении алкогольной продукции (за исключением пива и пивных напитков, сидра, пуаре, медовухи) необходимо учитывать еще и тот факт, что заниматься продажей ее в розницу могут только организации ( п. 1 ст. 16 Федерального закона № 171-ФЗ от 22 ноября 1995 г. ).
Налогоплательщик не вправе применять спецрежим в виде ЕНВД в отношении реализации товаров по образцам и каталогам вне стационарной торговой сети (в т. ч. в виде почтовых отправлений (посылочная торговля)), а также в общем случае –через телемагазины,телефонную связь и компьютерные сети.
Подтверждение: абз. 12 ст. 346.27 Налогового кодекса РФ.
  Продажа покупной алкогольной продукции в магазине может быть переведена на ЕНВД в рамках розничной торговли    абз. 12 ст. 346.27 Налогового кодекса РФ.      
      
      По мнению Росстандарта, услуги, связанные с реализацией спиртных напитков (в упаковке производителя и в розлив) относятся к группировке 121100 "Услуги      розничной торговли" ОКУН (письмо Минфина России № 03-11-06/3/162 от 22 ноября 2010 г.).      
      
      Согласно ОК 004-93 (Общероссийский классификатор видов экономической деятельности, продукции и услуг, утв. Постановлением Госстандарта России № 17 от 6      августа 1993 г.) к услугам по розничной торговле относятся такие услуги, как «Разлив жидких товаров» с кодом 5200145. Т.е. разлив покупной алкогольной      продукции непосредственно в магазине можно считать операциями, осуществляемыми в рамках деятельности организации по розничной торговле.  
Относительно вопроса 3
Да, путевые листы оформлять нужно.
      Путевой лист является многоцелевым документом. Наличие путевого листа обязательно для водителя как участника дорожно-транспортного движения. Осуществление      перевозок пассажиров и багажа, грузов автобусами, трамваями, троллейбусами, легковыми автомобилями, грузовыми автомобилями без оформления путевого листа на      соответствующее транспортное средство запрещается. Водитель обязан иметь при себе и по требованию сотрудников полиции передавать им для проверки в      установленных случаях, в частности, путевой лист.      
      Подтверждение: п. 2 ст. 6 Федерального закона № 259-ФЗ от 8 ноября 2007 г., п. 2.1.1 Правил дорожного движения, утв. Постановлением Правительства РФ № 1090      от 23 октября 1993 г.  
Также путевой лист – это документ, служащий для учёта и контроля работы транспортного средства, водителя (п. 14 ст. 2 Федерального закона № 259-ФЗ от 8 ноября 2007 г.).
Кроме того, путевые листы (их копии) могут понадобиться как перевозчику, так и заказчику, как документы, подтверждающие расходы на перевозку груза и на покупку ГСМ (для заказчика), на оплату услуг водителей (для перевозчика) (п. 1 ст. 252 Налогового кодекса РФ).
Вывод : в рассматриваемой ситуации путевые листы оформлять нужно.
Данный ответ подготовлен на основании информации, содержащейся в вопросе. Если в вопросе имелась в виду другая ситуация, необходимо ее конкретизировать, изложив как можно более подробно. В таком случае ответ может быть получен с большей долей точности.